Kopia sichert ausgewählte Dateien und Verzeichnisse in sogenannten Repositories. Dabei handelt es sich nicht um vollständige Systemabbilder, sondern um dateibasierte Snapshots. Die Daten werden bereits auf dem Quellsystem verschlüsselt und erst anschließend zum Speicherziel übertragen. Als Ziele unterstützt das Werkzeug lokale Datenträger und Netzwerkspeicher ebenso wie S3-kompatiblen Objektspeicher, Azure Blob Storage, Backblaze B2, Google Cloud Storage sowie Server mit SFTP oder WebDAV. Weitere Dienste lassen sich teilweise über Rclone anbinden.

Beim ersten Sicherungslauf zerlegt Kopia die Daten in Blöcke, komprimiert und verschlüsselt sie und legt sie im Repository ab. Nachfolgende Snapshots übertragen nur neue oder veränderte Inhalte. Die inhaltsbasierte Deduplizierung erkennt bereits vorhandene Blöcke auch über mehrere Dateien und Snapshots hinweg. Richtlinien steuern unter anderem Zeitpläne, Aufbewahrungsfristen und Kompression. Administrieren lässt sich Kopia wahlweise über die grafische Oberfläche KopiaUI oder vollständig per Kommandozeile.

Für mehrere Rechner steht außerdem ein Repository-Server bereit, über den sich Zugänge zentral verwalten lassen. Wiederherstellen lassen sich komplette Snapshots oder einzelne Dateien; zudem kann Kopia Sicherungen als Dateisystem einbinden und die Konsistenz des Repositories prüfen. Wichtig ist eine sichere Aufbewahrung des Repository-Passworts: Da die Verschlüsselung lokal erfolgt, lassen sich die Daten ohne dieses Kennwort nicht mehr entschlüsseln.