Der Mouse Manager stattet Anwender mit mehr Freiheiten bei der Belegung der Funktionstasten aus als die Steuerungssoftware der jeweiligen Maushersteller. Letztere kann die Freeware überschreiben und beispielsweise Belegungen abändern oder neue eintragen. Nicht zuletzt lassen sich über das Werkzeug Profile einrichten, die bei unterschiedlichen Programmen für jeweils andere Mausreaktionen sorgen.