Dank der Flexibilität und Erweiterbarkeit von Pandoc ist es möglich, mit Dokument-Metadaten, Fußnoten, Tabellen oder Definitionslisten zu arbeiten. Für wissenschaftliche Anwendungen bietet das Tool Methoden zur Darstellung von Mathematik in HTML und unterstützt die Integration automatischer Zitationen sowie Bibliographien.

Pandoc konvertiert Zitate in Hunderte von CSL-Stilen (Citation Style Languge) und integriert ein korrekt formatiertes Literaturverzeichnis am Ende des Dokuments. Das Tool ist sowohl als Kommandozeilen-Werkzeug als auch in einer Version mit grafischer Benutzeroberfläche verfügbar.